Son parte fundamental de las organizaciones dedicadas a la investigación científica, puesto que conforman espacios de trabajos especializados e interdisciplinares.
El Centro Universitario de Tonalá, cuenta con 2 institutos, 18 laboratorios y 4 centros de investigación dedicados a generar proyectos de investigación que se dirijan a la mejora y consolidación de la investigación científica.
Se encuentran en constante evaluación y actualización debido a que son de vital importancia para la generación de conocimiento de vanguardia, brindando servicios de diversos tipos, tanto a la comunidad académica como al sector público y privado.
A continuación se enlistan dichos Institutos, Centros y Laboratorios: