Son parte fundamental de las organizaciones dedicadas a la investigación científica, puesto que conforman espacios de trabajos especializados e interdisciplinares. El Centro Universitario de Tonalá, cuenta con 1 instituto, 7 laboratorios y 1 centro de investigación dedicados a generar proyectos de investigación que se dirijan a la mejora y consolidación de la investigación científica. Se encuentran en constante evaluación y actualización debido a que son de vital importancia para la generación de conocimiento de vanguardia, brindando servicios de diversos tipos, tanto a la comunidad académica como al sector público y privado.