Pertenecer al Sistema Nacional de Investigadores es una distinción que representa la calidad y el prestigio de la contribución científica al país, la cual es otorgada a las personas dedicadas a producir conocimiento científico y tecnológico del más alto nivel. El centro Universitario de Tonalá cuenta con 71 Investigadores que han recibido esta distinción; que pertenecen a grupos de investigación fundamentales para el desarrollo de programas educativos, la vida académica y el bienestar de nuestra comunidad. 
DIVISIONES:
· División de Ciencias Sociales, Jurídicas y Humanas.
· División de Ciencias de la Salud.
· División de Ingenierías e Innovación Tecnológica.
· División de Ciencias Económicas, Empresa y Gobierno.