La investigación científica que se lleva a cabo dentro del Centro Universitario de Tonalá se desarrolla dentro de unidades temáticas del conocimiento que permiten agrupar y trabajar en conjunto la investigación científica. Así los diversos proyectos ubicados dentro de un área determinada permiten resolver problemáticas macro en un tópico particular, logrando la consolidación y generación de soluciones precisas y orientadas a un grupo específico del conocimiento.